Kể từ khi Fenix giải thể, Daiji Igarashi tiếp tục duy trì hòa bình với người kế nhiệm, Bluebird. Trong khi đó, Hiromi Kadota đang có dấu hiệu phục hồi theo Tiến sĩ Ichimura, một nhà khoa học tại Bluebird chuyên về kỹ thuật di truyền. Đồng thời, một tổ chức mới được gọi là Alicorn đã trỗi dậy, tuyên bố là những người bảo vệ kỷ nguyên mới mà không có Giff.
